Die medizinische Rehabilitation ist die erste Phase der Wiedereingliederung in das frühere Leben. Mit der Heilung der Wunden und der Anpassung einer prothetischen Versorgung werden hier die Voraussetzungen für die Eingliederung in Arbeitsmarkt und Gesellschaft geschaffen.

Die Rehabilitation schließt unmittelbar an die Operation an, soweit das im Amputationskrankenhaus möglich ist. Zwei bis drei Wochen nach der Operation sollte dann die Verlegung in eine geeignete Rehabilitationsklinik erfolgen. Die Wunden müssen zu diesem Zeitpunkt größtenteils ausgeheilt sein, eine komplette Ausheilung ist in der Regel nicht zwingend erforderlich.

Die Finanzierung erfolgt üblicherweise durch die Träger der Sozialversicherung (Krankenversicherung, Rentenversicherung, Unfallversicherung), sofern ein entsprechender Versicherungsschutz besteht. Auch die Auswahl der Rehabilitationseinrichtung erfolgt durch den Kostenträger, wenn ein entsprechender Antrag vom behandelnden Arzt oder dem Sozialdienst der Klinik gestellt wurde. Die Rehabilitation Amputierter erfolgt wohnortnah. Eine direkte Einflussnahme des Patienten auf die Auswahl der Einrichtung sieht dieses Verfahren nicht vor.

Generell sollten Amputierte immer stationär rehabilitiert werden. Die Komplexität der notwendigen Maßnahme kann in der Regel nur stationär gewährleistet werden. Eine Ausnahme können Maßnahmen sein, die bei schon länger amputierten Patienten mit Prothese zur "Auffrischung" erfolgen. Zudem benötigen die Patienten in den ersten Wochen nach der Operation auch noch Maßnahmen aus dem Bereich der Pflege, die im häuslichen Umfeld so nicht garantiert werden können.

Dennoch ist das häusliche Umfeld und die Unterstützung durch Verwandte/ Bekannte sehr wichtig. Deshalb werden die Angehörigen, so weit wie möglich, angelernt, beim Anziehen der Prothese zu helfen. Außerdem wird mit ihnen die Umgestaltung des Wohnumfeldes besprochen und umgesetzt. Auch zur psychischen Stabilisierung des Betroffenen trägt das private Umfeld bei.